神舟任务的发射时间并没有规律，然而降落的时间却可以分为两组:

这两组时间分别为国际标准时08:50-11:40与20:30-22:30 ( 译者注: 北京时间16:50 - 19:40与04:30 – 06:30) ，换算成内蒙古降落场的视太阳时是17:00-19:30与03:40-06:00 。 所有长于7天的任务均在傍晚着陆，而大部份的短任务就在凌晨着陆(神舟七号例外)。

公开资料显示神舟九号任务长达13-14天，其中9-10天与天宫一号连结。 由此分析神舟九号应在傍晚着陆-北京时间 18:15 ± 85分钟。

以13天的任务长度计算，与此相对的发射时间为北京时间05:00 (±85分钟) ， 以便在选定的著陆窗口着陆。 发射日期则由天宫一号的轨道平面经过酒泉发射场的日子确定。

这个相遇在6至8月有三次:首两次为5月24日及7月14日(误差大概为一天)。 相对的发射窗口为5月20 - 5月28日及7月9 - 7月17日。 第三个窗口为8月29 - 9月7日。

如果任务长度长于13天，每增加一天，发射将提早一天，而发射时间将提早28分钟，反之亦然。

如果神舟九号在凌晨着陆，相对的发射窗口为6月4 - 6月23日及8月6 - 8月14日。

以下为推断的发射日期。 因应天宫一号的轨道衰变及大气阻力变化，发射日期可以有一天的误差。

从北美防空司令部发出的资料，可以推断天宫一号的轨道衰变至神舟号的工作高度的时间。 到了以后，只需对天宫一号作小型调控就可以改变它的轨道，以便交会

上图假设神舟号的工作轨道周期为91.15分钟，误差应在一星期以内。 神舟号的工作轨道大概是330 x 338千米，周期为91.2分钟。

在3月23日前，天宫一号的轨道的衰变速度使它在6月初到达神舟号的工作轨道；后来轨道被升高5公里，现在相应的时间是7月初，以便提供两个不同的发射窗口。

东尼‧肯因 (Tony Quine) 从神舟九号与运载火箭的进场时间推断发射应在6月，而5月28日天宫一号的一次轨道调整支持了6月中发射的理论。

根据6月3日的轨道数据及考虑到大气扰动作用，6月14日的发射时间为北京时间19:35 ±3分钟。 如果发射迟于6月14日，发射时间按一天早27.5分钟计算；反之发射时间按一天迟27.5分钟计算。 下表为6月中的发射时间，误差为正负5分钟: